Выдача чеков онлайн-ККМ или виртуальной кассы при оплате обучения

Предприятие оказывает образовательные услуги. Поставили виртуальную кассу. Поскольку доходы признаются по методу начисления, каждый месяц выставляются ЭСФ на ПИНФЛ родителей учащихся. Родителям, которые в текущем месяце оплатили обучение, пробиваем чек виртуальной кассы с QR-кодом. Суммы чека автоматом садятся в налоговую базу и отражаются в налоговой отчетности по НДС. Иногда родители не оплачивают обучение своевременно. Например, оплата обучения не осуществлялась 3 месяца, ежемесячно на ПИНФЛ родителя выставлялся ЭСФ, через 3 месяца родитель пришел и погасил задолженность. Он требует чек с QR-кодом на полную сумму оплаты. Если выдать такой чек, сумма оплаты автоматически садится в налоговую базу во второй раз, так как в первый раз сели суммы из ЭСФ.