Изменение основания для увольнения по результатам заключенного медиативного соглашения

В начале года уволен сотрудник по п. 3 ст. 100 ТК за систематические нарушения (неоднократные опоздания и ранний уход с работы.). Так как сотрудник не подписывал акты об отсутствии на рабочем месте и не предоставлял объяснительные в письменном виде, он подал в суд на работодателя за незаконное увольнение. До окончания судебного разбирательства работник и работодатель подписали медиативное соглашение, по требованиям которого работодатель выплачивает компенсацию и изменяет статью увольнения с п. 3 ст. 100 на ст. 99 ТК на основании заявления работника.