Товары принимаются к учету по себестоимости, включающей стоимость приобретения (контрактную стоимость) и все затраты, связанные с приобретением.

Да, на счете 2980 «Торговая наценка» учитывается сумма НДС.

При реализации лекарственных средств и изделий медицинского назначения предельные торговые надбавки исчисляются исходя из покупной стоимости (себестоимости) этих ТМЗ.

Для учета возврата реализованной продукции и товаров предусмотрен счет 9040 "Возврат проданных товаров".

Полученные товары учитываются комиссионером за балансом на счете 004 "Товары, принятые на комиссию" по ценам, согласованным с комитентом (указанным в актах приема-передачи). После реализации товары списываются с забалансового счета. 

Транспортно-заготовительные расходы относятся на стоимость приобретенных товаров по одному из двух методов: прямого включения или с использованием отдельного счета.