Стоимость работ, если субподрядчик - неплательщик НДС

СЕЗ МО РУ в качестве «Заказчика» осуществляет свою деятельность по планированию, управлению и техническому сопровождению капитального строительства и ремонта объектов Министерства обороны. В соответствии с Распоряжением КМ на объектах Академии ВС ведется строительство подрядной организацией ООО «Трест-12». Она является плательщиком НДС, а привлеченная субподрядная организация плательщиком ЕНП. В соответствии с законодательством субподрядная организация (плательщик ЕНП) закупает материалы и оборудование с НДС и представляет ООО «Трест-12» копию с/ф поставщика товаров. ООО «Трест-12» нам выставляет с/ф с увеличением на 20%, что приводит к истребованию бюджетных средств в большем размере, т.е. идет удорожание строительства.