НДС при реализации СМР по долгосрочным контрактам

Предприятие оказывает услуги в виде специализированных строительно-монтажных услуг в сфере электроснабжения. Счета-фактуры на услуги выставляются по мере исполнения объемов, а не каждый месяц. МРИ прислала уведомление, что мы нарушаем требования Налогового кодекса, что должны обложить НДС сумму незавершенного производства. Но ведь в таком случае получится двойное налогообложение. В учетной политике прописано, что услуги оказываются поэтапно. Все договора заключены на длительный срок и имеют дополнительные соглашения, которые продлевают срок и увеличивают сумму.