Правомерность применения скидки при импорте товара

Компания занимается импортом медикаментов. От поставщика получен товар с инвойсом без скидки. До оформления ИМ-40 (свободное обращение) поставщик предоставил инвойс со скидкой в размере 30%. Компания произвела оплату с учётом скидки, и при оформления ИМ-40 таможенную стоимость товара рассчитана с применением скидки - по первому методу. Таможенный комитет для исчисления таможенных процедур и таможенного НДС берёт стоимость по инвойсу без скидки.