Метод зачета НДС,при наличии облагаемого и необлагаемого оборота

Предприятие производитель товаров медицинского назначения имеющий льготу в виде освобождения от НДС. Есть дополнительные виды деятельности (прочая торговля, оказанные услуги) по которым оборот облагается по ставке 20%. При заполнении отчета по налогу на добавленную стоимость необходимо заполнять реестр входящих счетов фактур с указанием поступившего НДС и направлять эти сведения в ГНИ. Понятно что, если есть льгота по начисленному НДС, то и в зачет поступивший НДС предприятие не может взять. Но есть и другие облагаемые налогом объемы выполненных работ и оказанных услуг. Остается не понятным правильность распределения поступившего НДС в бухгалтерии в этом случае.